1、用于寒热来往，伤风发热。本品尝辛苦，气微寒，芳香疏泄，尤善于分散少阳半表半里之邪，而为医治邪在少阳，寒热来往、胸胁苦满、口苦咽干等少阳证之要药，多配黄芩等同用，如小柴胡汤；用治伤风发热，本品也有杰出的分散退热效果，常与甘草同用，若热邪较甚，可配葛根、黄芩、石膏等同用，如柴葛解肌汤；现有用柴胡制成的单味或复方注射液，关于外感发热，有较好的解热效果。

2、用于肝郁气滞，月经不调，胸胁痛苦。本品能条达肝气，疏肝解郁，调经止痛。常与当归、白芍等同用，如逍遥散；关于胸胁痛苦，不管内伤肝郁，外伤跌扑，均可应用，常与香附、川芎、芍药等同用，加柴胡疏肝散。

3、用于气虚下陷，久泻脱肛。本品善于升举脾胃清阳之气，善治气虚下陷神倦发热，食少便溏，久泻脱肛，胃、子宫下垂等症，常配人参、黄芪、升麻等同用，如补中益气汤。

此外，本品还可退热截疟，又为医治疟疾寒热的常用之品，常与黄芩、常山、草果等同用。